ایشان پس از آشنایی با جامع‌المقدمات و صرف و نحو در دبیرستان وارد حوزه علمیه شدند و نزد پدر و دیگر اساتید وقت ادبیات و مقدمات را خواندند.
درباره انگیزه ورود به حوزه علمیه و انتخاب راه روحانیت مى گویند:
«عامل و موجب اصلى در انتخاب این راه نورانى روحانیت پدرم بودند و مادرم نیز علاقه مند و مشوّق بودند».
ایشان کتب ادبى ار قبیل «جامع المقدمات»، «سیوطى»، «مغنى» را نزد مدرّسان مدرسه «سلیمان خان» و «نوّاب» خواندند و پدرش نیز بر درس فرزندانش نظارت مى کردند. کتاب «معالم» را نیز در همان دوره خواندند. سپس «شرایع الاسلام» و «شرح لمعه» را در محضر پدرش و مقدارى را نزد مرحوم «آقا میرزا مدرس یزدى» و رسائل و مکاسب را در حضور مرحوم حاج شیخ هاشم قزوینى و بقیه دروس سطح فقه و اصول را نزد پدرش خواندند و دوره مقدمات و سطح را به طور کم سابقه و شگفت انگیزى در پنچ سال و نیم به اتمام رساندند. پدرشان مرحوم سید جواد در تمام این مراحل نقش مهّمى در پیشرفت این فرزند برومند داشتند. رهبر بزرگوار انقلاب، در زمینه منطق و فلسفه، کتاب منظومه سبزوار را ابتدا از «مرحوم آیت الله میرزا جواد آقا تهرانى» و بعدها نزد مرحوم «شیخ رضا ایسى» خواندند.

آیت الله خامنه‌ای که از هیجده سالگى در مشهد درس خارج فقه و اصول را نزد مرجع بزرگ مرحوم آیت الله العظمى میلانى شروع کرده بودند. در سال 1336 به قصد زیارت عتبات عالیات، عازم نجف اشرف شدند و با مشاهده و شرکت در درسهاى خارج مجتهدان بزرگ حوزه نجف از جمله مرحوم سید محسن حکیم، سید محمود شاهرودى، میرزا باقر زنجانى، سید یحیى یزدى، و میرزا حسن بجنوردى، اوضاع درس و تدریس و تحقیق آن حوزه علمیه را پسندیدند و ایشان را از قصد خود آگاه ساختند. ولى پدر موافقت نکرد. پس از مدّتى ایشان به مشهد باز گشتند.

 آیت الله خامنه‌ای از سال 1337 تا 1343 در حوزه علمیه قم به تحصیلات عالى در فقه و اصول و فلسفه، مشغول شدند و از محضر بزرگان چون مرحوم آیت الله العظمى بروجردى، امام خمینى، شیخ مرتضى حائرى یزدى وعلّامه طباطبائى استفاده کردند. در سال 1343، از مکاتباتى که رهبر انقلاب با پدرشان داشتند، متوجّه شدند که یک چشم پدر به علت «آب مروارید» نابینا شده است، بسیار غمگین شدند و بین ماندن در قم و ادامه تحصیل در حوزه عظیم آن و رفتن به مشهد و مواظبت از پدر در تردید ماندند. آیت الله خامنه‌ای به این نتیجـه رسیدند که به خاطر خدا از قــم به مشهد هجرت کنند واز پدرشان مواظبت نمایند. ایشان در این مـورد مى گویند:
«به مشهد رفتم و خداى متعال توفیقات زیادى به ما داد. به هر حال به دنبال کار و وظیفه خود رفتم. اگر بنده در زندگى توفیقى داشتم، اعتقادم این است که ناشى از همان بّرى «نیکى» است که به پدر، بلکه به پدر و مادر انجام داده ام». آیت الله خامنه‌ای بر سر این دو راهى، راه درست را انتخاب کردند. بعضى از اساتید و آشنایان افسوس مى خوردند که چرا ایشان به این زودى حوزه علمیه قم را ترک کردند، اگر مى ماندند در آینده چنین و چنان مى شدند!... امّا آینده نشان داد که انتخاب ایشان درست بوده و دست تقدیر الهى براى ایشان سر نوشتى دیگر و بهتر و والاتر از محاسبات آنان، رقم زده بود. آیا کسى تصّور مى کرد که در آن روز جوان عالم پراستعداد 25 ساله، که براى رضاى خداوند و خدمت به پدر و مادرش از قم به مشهد مى رفت، 25 سال بعد، به مقام والاى ولایت امر مسلمین خواهد رسید؟! ایشان در مشهد از ادامه درس دست برنداشتند و جز ایام تعطیل یا مبازره و زندان و مسافرت، به طور رسمى تحصیلات فقهى و اصول خود را تا سال 1347 در محضر اساتید بزرگ حوزه مشهد به ویژه آیت الله میلانى ادامه دادند. همچنین ازسال 1343 که در مشهد ماندگار شدند در کنار تحصیل و مراقبت از پدر پیر و بیمار، به تدریس کتب فقه و اصول و معارف دینى به طلّاب جوان و دانشجویان نیز مى پرداختند.

آیت الله خامنه‌ای به گفته خویش «از شاگردان فقهى، اصولى، سیاسى و انقلابى امام خمینى (ره) هستند» امـّا نخستین جرقـّه هاى سیاسى و مبارزاتى و دشمنى با طاغوت را مجاهد بزرگ و شهید راه اسلام شهید «سید مجتبى نوّاب صفوى» در ذهن ایشان زده است، هنگامی که نوّاب صفوى با عدّه اى از فدائیان اسلام در سال 31 به مشهد رفته در مدرسه سلیمان خان، سخنرانى پر هیجان و بیدار کننده اى در موضوع احیاى اسلام و حاکمیت احکام الهى، و فریب و نیرنگ شاه و انگلیسى و دروغگویى آنان به ملـّت ایران، ایراد کردند. آیت الله خامنه‌ای آن روز از طـّلاب جوان مدرسه سلیمان خان بودند، به شدّت تحت تأثیر سخنان آتشین نوّاب واقع شدند. ایشان مى گویند: «همان وقت جرقه هاى انگیزش انقلاب اسلامى به وسیله نوّاب صفوى در من به وجود آمده و هیچ شکى ندارم که اولین آتش را مرحوم نوّاب در دل ما روشن کرد».

آیت الله خامنه اى از سال 1341 که در قم حضورداشتند و حرکت انقلابى واعتراض آمیز امام خمینى علیه سیاستهاى ضد اسلامى و آمریکا پسند محمد رضا شاه پهلوى، آغاز شد، وارد میدان مبارزات سیاسى شدند و شانزده سال تمام با وجود فراز و نشیب هاى فراوان و شکنجه ها و تعبیدها و زندان ها مبارزه کردند و در این مسیر ازهیچ خطرى نترسیدند. نخستین بار در محرّم سال 1338 از سوى امام خمینى (قدس سره) مأموریت یافتند که پیام ایشان را به آیت الله میلانى و علماى خراسان در خصوص چگونگى برنامه هاى تبلیغاتى روحانیون در ماه محرّم و افشاگرى علیه سیاست هاى آمریکایى شاه و اوضاع ایران و حوادث قم، برسانند. ایشان این مأموریت را انجام دادند و خود نیز براى تبلیغ، عازم شهر بیرجند شدند و در راستاى پیام امام خمینى، به تبلیغ و افشاگرى علیه رژیم پهلوى و آمریکا پرداختند. بدین خاطر در 9 محرّم «12 خرداد 1342» دستگیر و یک شب بازداشت شدند و فرداى آن روز به شرط اینکه منبر نروند و تحت نظر باشند آزاد شدند. با پیش آمدن حادثه خونین 15خرداد، باز هم ایشان را از بیرجند به مشهد آورده، تحویل بازداشتگاه نظامى دادند و ده روز در آنجا با سخت ترین شرایط و شکنجه و آزارها زندانى شدند.

در بهمن 1342 - رمضان 1383- آیت الله خامنه‌ای با عدّه اى از دوستانشان براساس برنامه حساب شده اى به مقصد کرمان حرکت کردند. پس از دو ـ سه روز توقف در کرمان و سخنرانى و منبر و دیدار با علما و طلّاب آن شهر، عازم زاهدان شدند. سخنرانى ها و افشاگرى هاى پرشور ایشان به ویژه درایـّام ششم بهمن ـ سالگرد انتخابات و رفراندوم قلّابى شاه ـ مورد استقبال مردم قرار گرفت. در روزپانزدهم رمضان که مصادف با میلاد امام حسن (ع) بود، صراحت و شجاعت و شور انقلابى ایشان در افشاگرى سیاستهاى شیطانى و آمریکایى رژیم پهلوى، به اوج رسید و ساواک شبانه ایشان را دستگیر و با هواپیما روانه تهران کرد. رهبر بزرگوار، حدود دو ماه ـ به صورت انفرادى ـ در زندان قزل قلعه زندانى شدند و انواع اهانت ها و شکنجه ها را تحمّل کردند.

کلاسهاى تفسیر و حدیث و اندیشه اسلامى ایشان در مشهد و تهران با استقبال کم نظیر جوانان پرشور و انقلابى مواجه شد. همین فعالیت ها سبب عصبانیت ساواک شد و ایشان را مورد تعقیب قرار دادند. بدین خاطر در سال 1345 در تهران مخفیانه زندگى مى کردند و یک سال بعد ـ 1346ـ دستگیر و محبوس شدند. همین فعالیّت هاى علمى و برگزارى جلسات و تدریس و روشنگرى عالمانه و مصلحانه بود که موجب شد آن بزرگوار بار دیگر توسط ساواک جهنّمى پهلوى در سال 1349 نیز دستگیر و زندانى گردند.

حضرت آیت الله خامنه اى «مد ظله» درباره پنجمین بازداشت خویش توسط ساواک مى نویسد:
«از سال 48 زمینه حرکت مسلحانه در ایران محسوس بود. حساسیّت و شدّت عمل دستگاههاى جارى رژیم پیشین نیز نسبت به من، که به قرائن دریافته بودند چنین جریانى نمى تواند با افرادى از قبیل من در ارتباط نباشد، افزایش یافت. سال 50 مجدّداً و براى پنجمین بار به زندان افتادم. برخوردهاى خشونت آمیز ساواک در زندان آشکارا نشان مى داد که دستگاه از پیوستن جریان هاى مبارزه مسلـّحانه به کانون هاى تفـّکر اسلامى به شدّت بیمناک است و نمى تواند بپذیرد که فعالیّـت هاى فکرى و تبلیغاتى من در مشهد و تهران از آن جریان ها بیگانه و به کنار است. پس از آزادى، دایره درسهاى عمومى تفسیر و کلاسهاى مخفى ایدئولوژى و... گسترش بیشترى پیدا کرد».

 در بین سالهاى 1350ـ1353 درسهاى تفسیر و ایدئولوژى آیت الله خامنه‌ای در سه مسجد «کرامت» ، «امام حسن(ع)» و «میرزا جعفر» مشهد مقدس تشکیل می‌شد و هزاران نف ر ازمردم مشتاق به ویژه جوانان آگاه و روشنفکر و طلّاب انقلابى و معتقد را به این سه مرکز مى کشاند و با تفکّرات اصیل اسلامى آشنا مى ساخت. درس نهج البلاغـه ایشان از شور و حال دیگـرى برخوردار بود و در جزوه هاى پلى کپى شده تحت عنوان: «پرتوى از نهج البلاغه» تکثیر و دست به دست مى گشت. طلّاب جوان و انقلابى که درس حقیقت و مبارزه را از محضر ایشان مى آموختند، با عزیمت به شهرهاى دور و نزدیکِ ایران، افکار مردم را با آن حقایق نورانى آشنا و زمینه را براى انقلاب بزرگ اسلامى آماده مى ساختند. این فعالیـّت ها موجب شد که در دى ماه 1353 ساواک بى رحمانه به خانه آیت الله خامنه‌ای در مشهد هجوم برده، ایشان را دستگیر و بسیارى از یادداشت ها و نوشته هایشان را ضبط کنند. این ششمین و سخت ترین بازداشت ایشان بود و تا پاییز 1354 در زندان کمیته مشترک شهربانى زندان بودند. در این مدت در سلولى با سخت ترین شرایط نگه داشته شدند. سختى هایى که ایشان در این بازداشت تحمّل کردند، به تعبیر خودشان «فقط براى آنان که آن شرایط را دیده اند، قابل فهم است». پس از آزادى از زندان، به مشهد مقدس برگشتند و باز هم همان برنامه و تلاش هاى علمى و تحقیقى و انقلابى ادامه داشت. البته دیگر امکان تشکیل کلاسهاى سابق را به ایشان ندادند.

رژیم جنایتکار پهلوى در اواخر سال 1356، آیت الله خامنه‌ای را دستگیر و براى مدّت سه سال به ایرانشهر تبعید کرد. در اواسط سال 1357 با اوجگیرى مبارزات عموم مردم مسلمان و انقلابى ایران، ایشان از تبعیدگاه آزاد شده به مشهد مقدس بازگشتند و در صفوف مقدم مبارزات مردمى علیه رژیم سفـّاک پهلوى قرار گرفتند و پس از پانزده سال مبارزه مردانه و مجاهدت و مقاومت در راه خدا و تحمّل آن همه سختى و تلخى، ثمره شیرین قیام و مقاومت و مبارزه؛ یعنى پیروزى انقلاب کبیر اسلامى ایران و سقوط خفـّت بار حکومتِ سراسر ننگ و ظالمانه پهلوى، و برقرارى حاکمیت اسلام در این سرزمین را دیدند.

درآستانه پیروزى انقلاب اسلامى، پیش از بازگشت امام خمینى(قدس سره) از پاریس به تهران،و از سوی ایشان «شوراى انقلاب اسلامى» با شرکت افراد و شخصیت هاى مبارزى همچون شهید مطهرى، شهید بهشتى، هاشمى رفسنجانى و... در ایران تشکیل گردید، آیت الله خامنه‌ای نیز به فرمان امام بزرگوار به عضویت این شورا درآمد. پیام امام توسط شهید مطهرى «ره» به ایشان ابلاغ گردید و با دریافت پیام رهبر کبیر انقلاب، از مشهد به تهران آمدند.

آیت الله خامنه اى پس از پیروزى انقلاب اسلامى نیز همچنان پرشور و پرتلاش به فعالیّت هاى ارزشمند اسلامى و در جهت نزدیکتر شدن به اهداف انقلاب اسلامى پرداختند که همه در نوع خود و در زمان خود بى نظیر و بسیار مهّم بودند که در این مختصر فقط به ذکر رئوس آنها مى پردازیم:
? پایه گذارى «حزب جمهورى اسلامى» با همکارى و همفکرى علماى مبارز و هم رزم خود: شهید بهشتى، شهید باهنر، هاشمى رفسنجانى و... دراسفند 1357.
? معاونت وزارت دفاع در سال 1358. 
? سرپرستى سپاه پاسداران انقلاب اسلامى، 1358.
? امام جمعه تهران، 1358.
? نماینده امام خمینی«قدّس سرّه» در شوراى عالى دفاع ، 1359.
? نماینده مردم تهران در مجلس شوراى اسلامى، 1358.
? حضور فعّال و مخلصانه در لباس رزم در جبهه هاى دفاع مقدس، در سال 1359 با شروع جنگ تحمیلى عراق علیه ایران و تجاوز ارتش متجاوز صدام به مرزهاى ایران؛ با تجهیزات و تحریکات قدرت هاى شیطانى و بزرگ ازجمله آمریکا و شوروى سابق. 
? ترور نافرجام ایشان توسط منافقین در ششم تیرماه 1360 در مسجد ابوذر تهران.
? ریاست جمهورى؛ به دنبال شهادت محمد على رجایى دومین رئیس جمهور ایران، آیت الله خامنه‌ای در مهر ماه 1360 با کسب بیش از شانزده میلیون رأى مردمى و حکم تنفیذ امام خمینى (قدس سره) به مقام ریاست جمهورى ایران اسلامى برگزیده شدند. همچنین از سال 1364 تا 1368 براى دومین بار به این مقام و مسئولیت انتخاب شدند.
? ریاست شوراى انقلاب فرهنگ، 1360.
? ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام، 1366. 
? ریاست شوراى بازنگرى قانون اساسى، 1368.
? رهبرى و ولایت امّت، که از سال 1368، روز چهاردهم خرداد پس از رحلت رهبر کبیرانقلاب امام خمینى (قدس سره) توسط مجلس خبرگان رهبرى به این مقام والا و مسئولیت عظیم انتخاب شدند، و چه انتخاب مبارک و درستى بود که پس از رحلت امام راحل، با شایستگى تمام توانستند امّت مسلمان ایران، بلکه مسلمانان جهان را رهبرى نمایند.